Σύγχρονος με το ναό είναι ο νάρθηκας στη δυτική πλευρά, ενώ λίγο αργότερα προστέθηκε εξωνάρθηκας (ή προστώο) με όροφο. Μετά από σοβαρές βλάβες που προκάλεσε ισχυρός σεισμός κατά τη διάρκεια της Φραγκοκρατίας (13ος-14ος αι.), οι Κιστερκιανοί μοναχοί (μοναστικό τάγμα της Ρωμαιοκαθολικής εκκλησίας), στους οποίους είχε παραχωρηθεί η μονή από τον Δούκα των Αθηνών, Όθωνα ντε λα Ρος, έκαναν εκτεταμένες ανακατασκευές στον εξωνάρθηκα, ο οποίος τότε απέκτησε τη σημερινή του μορφή, με τα οξυκόρυφα τόξα στην πρόσοψη και τις επάλξεις στον όροφο. Δυτικά του εξωνάρθηκα στους όψιμους χρόνους της Τουρκοκρατίας (18ος αι.;) προσκολλήθηκε κτίσμα, με την αψίδα προς Βορρά, το οποίο παλαιότερα χαρακτηρίστηκε ως παρεκκλήσι και ταυτίστηκε με κτίσμα που αφιέρωσε η συντεχνία των Μπακάληδων το 1764, σύμφωνα με ανευρεθείσα στη μονή επιγραφή. Νεότερες θεωρίες, ωστόσο, αποδίδουν στο κτήριο χρήση μοναστηριακής Τράπεζας.
Μετά την κατάληψη της Αθήνας από τους Τούρκους, το 1458, το μοναστηριακό συγκρότημα αποδόθηκε και πάλι στους ορθόδοξους μοναχούς, οι οποίοι, πιθανότατα το 16ο αιώνα, οικοδόμησαν περιμετρικά της μικρής αυλής νότια του καθολικού διώροφα κτήρια με κελιά, τράπεζα, αποθήκες και στοά. Κατά την Επανάσταση του 1821 η μονή χρησιμοποιήθηκε περιστασιακά ως φρουραρχείο. Με την ίδρυση του Νεοελληνικού Κράτους (1830) ερημώθηκε και τελικά εγκαταλείφθηκε, αφού στέγασε για μικρό χρονικό διάστημα στρατώνα των Βαυαρικών (1838-1839) και Γαλλικών (1854) στρατευμάτων και το Δημόσιο Ψυχιατρείο (1883-1885).