Ένδειξη για τη συνέχιση της κατοίκησης στα Αιγόσθενα κατά τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους αποτελεί η πεντάκλιτη βασιλική του 5ου αι. στην κάτω πόλη. Επάνω στα ερείπια της βασιλικής, χτίστηκε, τον 11ο αι., το μικρό εκκλησάκι της Παναγίας ή Αγίας Άννας με αρχαίο οικοδομικό υλικό.